Tahun 1967, Husein dipanggil lagi oleh Presiden Soeharto untuk menangani pengibaran bendera pusaka.
Dengan ide dasar dari pelaksanaan tahun 1946 di Yogyakarta, dia kemudian mengembangkan formasi pengibaran menjadi 3 kelompok yang dinamai sesuai jumlah anggotanya, yaitu Pasukan 17/pengiring (pemandu), Pasukan 8/pembawa bendera (inti), dan Pasukan 45/pengawal.
Dengan kondisi saat itu, Husein Mutahar hanya melibatkan putra daerah yang ada di Jakarta, dan menjadi anggota Pandu/Pramuka untuk melaksanakan tugas pengibaran bendera Pusaka.
Mulai 17 Agustus 1968, petugas pengibar bendera pusaka adalah para pemuda utusan provinsi, tapi karena belum seluruh provinsi mengirimkan perwakilan sehingga masih harus ditambah eks-anggota pasukan 1967.
Pada 5 Agustus 1969, di Istana Negara Jakarta berlangsung upacara penyerahan duplikat Bendera Pusaka Merah Putih dan reproduksi Naskah Proklamasi oleh Soeharto kepada Gubernur/ Kepala Daerah Tingkat I seluruh Indonesia.
Bendera duplikat mulai dikibarkan dan menggantikan Bendera Pusaka pada HUT RI tanggal 17 Agustus 1969 di Istana Merdeka, Jakarta.
